Verwendung entsprechender Merkmale
Es ist im allgemeinen intuitiv erkennbar, daß einige Merkmale qualitativ mehr wert sind (d.h. einen höheren Informationsinhalt haben) als andere zur Unterscheidung eines Ciliats von anderen Ciliaten, die zu anderen Taxa gehören. Auch sogenannte "Schlüssel"-Merkmale sind offensichtlich in gewissem Grad hilfreich. Evolutionär die konservativsten Daten sind allgemein anerkannt die vertrauenswürdigsten ("ancestral", "primitiv" oder "plesiomorph" im Gegensatz zu "abgeleitet", "höher entwickelt" oder "apomorph", obwohl dies nur relative Bezeichnungen sind) und eine Zeit lang haben Ciliatologen allgemeine Kategorisierungen bezüglich der Quellen von Merkmalen, die potentiell am nützlichen bei vergleichenden taxonomischen Studien sind, erstellt. Zum Beispiel neigt die externe Bewimperung, in nahem Kontakt mit Umweltprimärvalenzen und unter der Wirkung von selektivem Druck als Anpassung eines Organismus an einen neuen oder sich ändernden Lebensraum, zu mehr Variabilität und weniger Konstanz als die subpelliculäre oder kortikale "geschützte" Infraciliatur. Anheftungsorganellen sind wie jene für Nahrungserwerb und Fortbewegung im allgemeinen ähnlicher Variation unterworfen. Wegen ihrer Lage wurden Cytostom und Cytopharynx und sicher auch die Kerne im Verlauf der Ciliatenevolution nicht so leicht - oder so rasch - beeinflusst. Von großem Wert sind "larvale" Stadien im Lebenszyklus, obwohl auch diese durch selektiven Druck Veränderungen unterworfen sind. Aber oft können die morphogenetischen Prozesse, die während der Zytokinese stattfinden, eine wichtige Quelle für konservative Merkmale darstellen, da das reife "erwachsene" Stadium länger seiner Umgebung ausgesetzt ist. (Aber wie schon bemerkt soll dies nicht implizieren, daß alle ontogenetischen Merkmale weniger anpassungsfähig sind als andere Merkmale).
Den Grundsätzen der Systematik der besser bekannten Wirbeltiere und wirbellose Gruppen folgend können weitere Verallgemeinerungen gegenüber anderen Merkmalen beim "Bevorzugen" einiger Merkmale der Ciliatentaxonomie angewandt werden. Universelle Merkmale können überhaupt als stabiler und konservativer als isolierte oder vereinzelt auftretende betrachtet werden. Allgemeinere Merkmale sind wertvoller als spezielle; das Einfache ist oft dem Komplexen vorzuziehen - und sicher homolog besser als konvergent (d.h. als Basis für die Stellung von zwei eng verwandten Formen mit "gleicher" Eigenschaft). Zu wissen, welche Merkmale echt homolog sind und welche nicht, ist hier natürlich das uralte Problem. Merkmale mit hohem Grad von Konstanz, Konsistenz und relativer Unabhängigkeit sind im allgemeinen zuverlässig; hoch variable oder redundante - also lediglich notwendigerweise mit einem anderen Merkmal korrellierend - sind keine gute Wahl oder nur wenig informativ. Unterschiede (oder Ähnlichkeiten) bei offensichtlich sekundär reduzierten ("regressiven") Stadien müssen bei sonst scheinbar hilfreichen Eigenschaften beachtet werden. Hanson (1977) schlug den Ausdruck "seme" für jedes (ancestrale oder abgeleitete) Einheitsmerkmal mit hohem Informationsinhalt vor.
Auf der hauptsächlich betrachteten suprafamiliären taxonomischen Ebene sind inzwischen geprüfte und oft gut untersuchte morphologische Merkmale zu bevorzugen gegenüber den allgemeinen (Ausnahmen sind zu begrüßen), weniger verstandenen oder mehr beschränkten physiologischen, ökologischen, biochemischen oder genetischen Merkmalen. Beim gegenwärtigen Wissensstand der gesamten Protozoologie muß diese Präferenz anerkannt werden, auch wenn sie für die "organismische" (im Gegensatz zu "molekulare") Evolution als vielleicht nicht ideal anzusehen ist. Schließlich sollten generell Merkmale mit mehr detaillierten Informationen gegenüber weniger spezifischen Merkmalen mit ungenauen Details bevorzugt werden. Deshalb sind Daten von elektronenmikroskopischen Studien zu begrüßen, besonders wenn sie unserem Wissen mehr Feinheiten über eine Struktur, eine Organell oder einen Organellenkomplex erkennen lassen. Und solche Untersuchungen können auch völlig neue Information offenbaren und liefern genauso wertvolle Daten wie ältere Informationen zu besonderen taxonomischen Problemen.
Größeres Gewicht und höhere Priorität sollten vier verbreitete Datenquellen erhalten (siehe Corliss, 1976). Ihre Verwendung ist angemessen bei phylogenetischen Überlegungen und für den Aufbau eines Systems der Klassifizierung von suprafamiliären Gruppen, auch wenn Überlappungen offensichtlich sind. Es sind folgende: die Infraciliatur mit Betonung zugehöriger somatischer Strukturen; der Oralbereich mit Einsenkungen und Höhlungen, einschließlich der Merkmale des Cytopharynx, usw. sowie orale oder buccale Infraciliatur und Bewimperung; der Modus der Stomatogenese, der explizite morphogenetische Prozeß neuer Mundbildung als ideales Beispiel für ein dynamisches Merkmal im Lebenszyklus mit reichlich Anhaltspunkten für taxonomisch enge Beziehungen; und der Makronucleus, dessen Merkmale bis heute in der Ciliatensystematik und Phylogenese oft ignoriert wurden.
Der Hauptfehler bei der Verwendung von Daten der vier oben erwähnten "Hauptquellen" für Probleme der vergleichenden Systematik wäre, die möglichen Wirkungen der Anpassung eines Organismus an besondere Lebensumstände zu vergessen. Solche Anpassungen (z.B. sessile Ciliaten) ändern deutlich das Aussehen von Strukturen der untersuchten Species oder Artengruppe, aber sie verursachen Ähnlichkeiten über die Konvergenz bei Strukturen von ziemlich fern verwandten Arten oder Organismen mit ähnlichem Verhalten. Ein hervorragendes Beispiel sind Ciliatenorganelle zur Festheftung, von vielen Ciliatologen genau untersuchte Strukturen, aber vielleicht am besten vom vergleichenden Standpunkt verstanden und erkannt von Fauré-Fremiet (siehe z.B. 1910a, 1969b, und viele dazwischenliegende Publikationen). Eine andere sehr wichtige seltsame Lebensweise vieler Ciliaten ist offensichtlich eine Art von symbiontischer Beziehung zu anderen Organismen.